Sekte (lat. secta „Richtung“, von sequi, „folgen“, in der Bedeutung beeinflusst von secare, „schneiden, abtrennen“) ist eine ursprünglich wertneutrale Bezeichnung für eine philosophische, religiöse oder politische Gruppierung, die durch ihre Lehre oder ihren Ritus im Konflikt mit herrschenden Überzeugungen steht. Insbesondere steht der Begriff für eine von einer Mutterreligion abgespaltenen religiösen Gemeinschaft. So ist beispielsweise das Christentum als Sekte aus dem Judentum hervorgegangen.
Aufgrund seiner Geschichte und Prägung durch den kirchlichen Sprachgebrauch bekam der Ausdruck abwertenden Charakter und verbindet sich heute mit negativen Vorstellungen, wie der möglichen Gefährdung von etablierten religiösen Gemeinschaften oder Kirchen, Staaten oder Gesellschaften. Die moderne Religionswissenschaft hat das Wort Sekte durch neutrale Bezeichnungen wie religiöse Sondergemeinschaft oder neureligiöse Gemeinschaft ersetzt. In der Rechtswissenschaft findet der Begriff „neue religiöse Bewegung“ Verwendung.
In der Antike wurden als „Sekte“ zunächst diejenigen bezeichnet, die den Anschauungen eines bestimmten Philosophen folgten. Die ersten Christen wurden als „Sekte der Nazarener“, eine Richtung des Judentums bezeichnet.
Paulus verwendete das Wort αἵρεσις (phon. „hairesis“, Streben, spätantik: philosophische Schule, Sekte, bzw. altgr. Verfehlung) in seinen Briefen für Spaltungen innerhalb der Gemeinde (z. B. 1 Ko 11,19). Diese Spaltungen wurden von ihm negativ bewertet, ohne dass er dabei einer bestimmten Richtung unter ihnen den Vorzug gab.
In der Alten Kirche wurde der Begriff hairesis immer mehr für Abweichungen von der gemeinsamen Lehre der miteinander in Kommunion stehenden christlichen Gemeinden verwendet und mit Beginn des fünften Jahrhunderts hatte er schließlich in der Westkirche die Bedeutung „Irrlehre“.
Dieser Begriff wurde von der lateinischen Kirche des Mittelalters als secta, Sekte, übernommen. So wurden die Protestanten als secta lutherana bezeichnet und auch im deutschen Sprachgebrauch sprach die katholische Kirche bis ins 20. Jahrhundert in manchen Texten von „Sekten“, wenn sie die evangelischen Kirchen meinte.
Im landläufigen Sprachgebrauch werden als Sekten oft religiöse Gruppen bezeichnet, die in irgendeiner Weise als gefährlich oder problematisch angesehen werden, oder die in orthodoxer theologischer Hinsicht als „Irrlehre“ angesehen werden. Dies umfasst auch lang bestehende christliche Gemeinschaften, die sich in Lehre und/oder Praxis vom Herkömmlichen unterscheiden, als auch neue Gruppen, insbesondere solche, die in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts entstanden sind und als „Jugendsekten“ bezeichnet werden, weil sie anfänglich viele junge Mitglieder hatten. „Sekte“ wird heute oftmals als Kampfbegriff gebraucht. So wird sogenannten Sekten häufig vorgeworfen, sie würden sich v. a. aus wirtschaftlichen Gründen als religiöse Glaubensgemeinschaften ausgeben, um den besonderen Schutz des Staates, größere Freiheiten und Rechte, sowie die Befreiung von Steuern zu genießen. Bekanntestes Beispiel dafür ist Scientology.